Kapsama giren mükellefler tuttukları e-Defterleri, saklama hizmeti veren özel entegratörler ise sistemlerindeki e-Defterleri yetkili birimler (denetim elemanı, vergi dairesi vb.) tarafından istenildiğinde ibraz etmek üzere 10 yıl boyunca muhafaza etmek zorundadırlar.
19.10.2019 tarihinde yayımlanan 3 Sıra No’lu Elektronik Defter Genel Tebliği uyarınca;
- Mükellefler e-Defterlerini, elektronik ortamda oluşturulan muhasebe fişleri ve ilgili berat dosyalarını elektronik, manyetik veya optik ortamlarda muhafaza ve istenildiğinde elektronik, manyetik veya optik araçlar vasıtasıyla eksiksiz ve okunabilir şekilde ibraz etmekle yükümlüdür.
- e-Defter dosyaları ile bunlara ilişkin berat dosyalarının ikincil kopyalarının, gizliliği ve güvenliği sağlanacak şekilde özel entegratörlerin bilgi işlem sistemlerinde ya da Başkanlığın bilgi işlem sistemlerinde 1/1/2020 tarihinden itibaren asgari 10 yıl süre ile muhafaza edilmesi zorunludur.
- Özel entegratörler, saklama hizmetini verdikleri mükelleflere ait e-Defterlerin bütünlüğünden, güvenliğinden, gizliliğinden ve Başkanlığın (GİB) ve Genel Müdürlüğün uzaktan erişimine imkan sağlamaktan sorumludurlar.
- e-Defter ve berat dosyalarının yetkili makamlara ibrazı öncelikle ilgili mükelleften yazılı olarak istenecektir. İlgili mükellef tarafından e-Defter dosyaları ile beratlarının yazılı talebe rağmen yetkili makamlara ibraz edilmediğinin veya edilemediğinin tevsikini müteakip, özel entegratörden Başkanlık aracılığı ile ya da muhafaza işleminin Başkanlık sistemlerinde yapılması halinde ise Başkanlıktan, resmi yazılı talepte bulunularak ilgili e-Defter ve berat dosyalarının ikincil kopyalarının ibrazı istenebilecektir. Bu suretle Başkanlık aracılığı ile özel entegratörden e-Defter dosyaları ve beratlarının ibrazı talep edildiğinde, ilgili özel entegratör ivedilikle (her hal ve şartta talebin tebliğ tarihinden itibaren 15 günlük süreyi aşmayacak şekilde) Başkanlığa talep edilen e-Defter ve berat dosyalarını ibraz etmek mecburiyetindedir.
- e-Defter uygulamasına dâhil olanlar, özel entegratörler ve uyumluluk onayı verilen yazılım firmalarının, bilgi işlem sistemini oluşturan yazılım, donanım, dosya, dokümantasyon ve benzeri unsurları, hiçbir şekilde kısmen veya tamamen denetim elemanlarının veya Hazine ve Maliye Bakanlığı ile Ticaret Bakanlığınca görevlendirilecek personelin erişimini ve denetlemesini engelleyecek bir sözleşme veya lisansa konu edemez.
- Başkanlık tarafından gerçekleştirilen berat onay işlemi, ilgili defterlerde yer alan kayıtların içerik ve gerçeğe uygunluk denetimi anlamına gelmemekte ve herhangi bir vergi incelemesini veya diğer incelemeleri ifade etmemektedir.